Il 2 settembre 2001, in occasione della Giornata Europea della Cultura Ebraica, è stata inaugurata la Libreria Meb. Nasce così anche a Bologna, unica in Emilia-Romagna, una libreria specializzata in Judaica, che intende proporsi come punto di riferimento per studiosi, ricercatori e cultori di ebraismo, ma che si distinguerà anche per il suo costante interesse per le novità dell'editoria ebraica.
La Libreria è in linea con l'ambito di ricerca del Museo che, incentrato sull'antichissima storia del popolo ebraico, si propone come luogo di conoscenza del valore dell'identità e della cultura ebraica ancora presente in Emilia-Romagna. Intende quindi caratterizzarsi per l'approfondimento della ricerca storica, con particolare riguardo al territorio di Bologna e dell'Emilia-Romagna.
La libreria, con i suoi circa 1300 volumi, offre una panoramica su ogni aspetto della cultura ebraica: dall'introduzione all'ebraismo al pensiero e alla lingua ebraica, dalla storia antica alla shoà, dalla letteratura ai libri per i bambini, alle tradizioni delle feste, alla cucina kasher, alla mistica e alla cabbala. Per coloro che intendono accostarsi da profani alla cultura ebraica, è prevista una sezione di introduzione all'ebraismo. In coerenza con la vocazione didattica del MEB, un'ampia sezione è dedicata ai libri per ragazzi. La Libreria si distingue, inoltre, per il costante interesse per le novità dell'editoria ebraica.