Il Museo Ebraico di Bologna ha sede in via Valdonica 1/5, nella zona dell’ex ghetto ebraico. Esso è organizzato dal Jewish Culture Program, Comitato Organizzatore appositamente istituito dall'Istituto Beni Culturali della Regione Emilia Romagna, dal Comune , dalla Provincia e dalla Comunità Ebraica di Bologna, allo scopo di realizzare il Museo e di valorizzare, conservare e tutelare il ricco patrimonio culturale ebraico profondamente radicato a Bologna e in molte località dell'Emilia Romagna. Il Museo è gestito da una Fondazione pubblica.

Il MEB si propone come museo particolare e innovativo: infatti, la visita alla sezione permanente si avvale di strumenti multimediali e di apparati espositivi che permettono una lettura del percorso storico con tre livelli di approfondimento, ovvero con tre velocità di percorso: da quello più generale in video, a quello intermedio su grafica applicata, fino al più analitico in Cd-Rom. Il visitatore potrà scegliere a suo piacimento.

Inoltre, il MEB intende proporsi come centro per la conoscenza del ricco e straordinario patrimonio architettonico, artistico, documentario e librario ancora presente in Emilia Romagna. Un patrimonio visitabile attraverso specifici percorsi sia nella stessa città di Bologna, che nel territorio regionale.

In Bologna l'itinerario prevede l' ex ghetto ebraico, via Gombruti con l'attuale sinagoga, la Certosa con il cimitero ebraico, il Museo Medievale con le lapidi cinquecentesche, le case e le zone quattro-cinquecentesche in cui risiedevano gli ebrei prima dell'internamento nel ghetto nel 1555.

Nel territorio regionale il percorso si articola sia in direzione est, con Cento, Lugo e Ferrara con il suo Museo Ebraico, le tre sinagoghe, il cimitero e l'antico ghetto; sia in direzione ovest, con Modena e la sinagoga monumentale dell'emancipazione, Carpi con il Museo del deportato e il campo di Fossoli, Reggio Emilia con l'antica sinagoga del XVIII secolo, l'ex ghetto e il cimitero, Parma con la sinagoga ottocentesca e Soragna con il piccolo ma emblematico Museo Ebraico "Fausto Levi" e l'annessa sinagoga neoclassica.

In sostanza con il MEB viene a prendere corpo quel sistema museale ebraico dell'Emilia Romagna che ha nella sede bolognese la sua base culturale e informativa e nelle realtà periferiche l'orditura attraverso la quale si compone l'insieme delle testimonianze della tradizione ebraica regionale.