La superficie del Museo consta complessivamente di 500 mq., suddivisi
in tre spazi distinti. Destinati alla sezione permanente, alla sezione per attività
temporanee al piano terra, il centro di documentazione al primo piano.
La sezione permanente
s'incentra sul tema dell'identità ebraica e percorre per punti essenziali le vicende
storiche del popolo ebraico nell'arco di quasi 4000 anni, nel
corso dei quali ogni generazione ha mantenuto forti vincoli con
le precedenti, stabilendo così una sostanziale continuità tra
storia antica, medievale, moderna, fino all'ebraismo
contemporaneo. Due sale, poi, sono dedicate alla lunga permanenza
degli ebrei a Bologna e in Emilia Romagna, dall'epoca medievale
al contemporaneo.
La seconda sezione è quella che
comprende gli spazi dedicati alle attività temporanee per
mostre, incontri, dibattiti e attività didattiche rivolte a
bambini. È qui che vengono svolte le conferenze, i corsi, gli incontri, i
seminari e le presentazioni dei libri organizzate dal MEB.
La terza sezione è il vero e
proprio centro di documentazione del MEB, composto da una
biblioteca specializzata e da un centro informativo telematico
collegato con musei, università, biblioteche e centri di ricerca
principalmente in Italia, in Europa, in Israele e negli USA.